กระบวนการในการบริหารทรัพยากรบุคคล อีกเรื่องหนึ่งที่มักจะมีประเด็นให้ถกเถียงกันเสมอ และยังไม่สามารถที่จะทำให้สมบูรณ์ได้ 100% ก็คือ การบริหารผลงาน หรือในบางองค์กรอาจจะเป็นระบบการประเมินผลงานเพียงอย่างเดียว ไม่มีการบริหารผลงานแต่อย่างใด

กระบวนการในการบริหารทรัพยากรบุคคลในยุคปัจจุบันนั้น มีความท้าทายมากขึ้นมาก เนื่องจากธุรกิจมีการเปลี่ยนแปลง สภาพแวดล้อมต่าง ๆ ในการทำธุรกิจก็เปลี่ยนไปอย่างรวดเร็ว ความต้องการของลูกค้าเปลี่ยน เทคโนโลยีเปลี่ยน ความต้องการของคน และพนักงานก็เปลี่ยน และเปลี่ยนเร็วขึ้นอย่างมากมาย